A mohácsi tragédia után az ország szétesett, főméltóságainak jó része és mintegy 15 ezer katona holtan maradt a csatatéren. A török akadálytalanul vonult Budáig, annak ellenére, hogy az ország még két teljes hadsereggel, Szapolyai János erdélyi vajda és Frangepán Kristóf horvát bán hadával rendelkezett. Buda felégetése és a Duna menti települések elpusztítása után a török kivonult az országból. Magyarország katonai megszállása ugyanis a földrajzi távolság és a török hadszervezet sajátosságai (a főseregnek mindig a központban kellett állomásoznia) miatt nem állt érdekében a szultánnak. Túlságosan nagy létszámú török katonaságot kellett volna tartani a magyarországi várakban. A szultán beérte azzal, hogy a Délvidék végvárainak birtokában, beavatkozásra készen figyeli a magyarországi belső küzdelmeket.
Az ország két részre szakadása:
A király halálát és a török kivonulását mind a bárói, mind a köznemesi párt a saját javára akarta kihasználni. A bárók a kettős házassági szerződésre hivatkozva Jagelló Anna férjét, Habsburg Ferdinándot kívánták a magyar trónon látni. Ezt politikai megfontolások és a Habsburg Birodalom katonai erejében való bizakodás is alátámasztotta. A köznemesség jogforrása a rákosi végzés, jelöltjük Szapolyai János erdélyi vajda volt. Miután megegyezés nem született, mindkét párt királlyá koronázta a saját jelöltjét. A két király fegyverrel kívánta eldönteni a trónkérdést. A spanyol és német zsoldosokat is felvonultató Ferdinánd erősebbnek bizonyult, Szapolyait kiszorította az országból. Ezért Szapolyai szövetségre lépett a törökkel: a mohácsi csata harmadik évfordulóján, a mohácsi síkon látványosan meghódolt a szultánnak, és gyakorlatilag a hűbéresévé vált. A szultán fegyverrel sietett hűbérese segítségére: elfoglalta és visszaadta János királynak Budát, majd megkísérelte bevenni Bécset, de itt kudarcot vallott. Ez mutatta, hogy Magyarország a török haderő hatósugarának a szélén helyezkedik el.
Az 1530-as években továbbra is megosztott volt az ország. A két király küzdelme folytatódott a korona kizárólagos birtoklásáért.
Az ország három részre szakadása:
Az évtized végére lassan érlelődtek a megegyezés feltételei, hiszen a másfél évtizede dúló belháborúk és a török fegyveres beavatkozásai az ország pusztulását okozták volna. 1538-ban, a váradi békében 1. Ferdinánd és 1. János megegyeztek. Később a titkos egyezményt Ferdinánd beárulta a török portának. 1. János viszont halálos ágyán megeskette főembereit, hogy későn született gyermekét, János Zsigmondot a váradi megállapodás ellenére elismerik törvényes királynak. János halála után Ferdinánd sereggel indult törvényesnek vélt jussa megszerzéséért. A csecsemő János Zsigmond gyámja, Fráter György pálos szerzetes nem bízva az ország katonai erejében, behívta segítségül a törököt. Ez egybeesett a törökök törekvéseivel, mert addigra Magyarországot túlságosan zavaros, hatalmi viszonyaiban változékony területnek tartották, így a közvetett hűbéri függés fenntartása helyett, amit pl. Moldva vagy Havasalföld esetében alkalmaztak a közvetlen megszállás mellett döntöttek. Az óriási erejű török sereg 1541 nyarán megszállta a magyar királyi székvárost.
Buda megszállásával az ország három részre szakadt. Ferdinándé maradt az északi és nyugati peremvidék; a továbbiakban ezt nevezték királyi Magyarországnak. A török az ország középső és alföldi területeit, az úgynevezett hódoltságot foglalta el. Erdélyt és Kelet-Magyarországot János Zsigmond magyar királyként tarthatta meg, de török hűbéri függést kellett vállalnia, s évi adót kellett fizetnie a töröknek. Az önálló középkori magyar állam története ezzel véget ért.