A Habsburgok fő ellensége Franciaország maradt, ezért arra törekedtek, hogy a törökkel mindenképpen fenntartsák a békét. Megtiltották a magyarok törökellenes akcióit is. A végvárakban a hazai vitézek helyett idegen zsoldosokat helyeztek. A politizálás új vezére a költő, hadvezér, politikus Zrínyi Miklós lett. A török támadás hatására (1663) I. Lipót Zrínyit nevezte ki az egész magyar hadsereg főparancsnokává. 1663 végi téli hadjáratának tervével kényszeríttette ki a törökellenes nemzetközi összefogást is. Felégette a török utánpótlás kulcsát, az eszéki hidat. Fő célja az volt, hogy megteremtse Kanizsa ostromának feltételét. Kanizsát azonban nem sikerült visszafoglalni.
Montecuccoli fővezér Szentgotthárdnál óriási győzelmet arat a török főseregen. A császári udvar azonban békét köt a levert ellenséggel úgy, hogy annak minden hódítását meghagyta. A törökkel szembeni tehetetlenség miatt rendi szervezkedés indult. I. Lipót abszurdista kormányzati rendszert vezetett be. A mozgalmat felszámolta. A bujdosók alkották a meginduló függetlenségi harcok bázisát.
Thököly Imre állt a mozgalom élére. Az általa vezetett had elfoglalta a Felvidék bányavárosait. Lipót lemondott a nyílt abszolutizmusról, visszaállították a rendi alkotmányt. A császári katonaság feladta Magyarországot, és visszavonult Bécs védelmére a török támadás elől. A megtámadottak végre komoly ellenlépésre szánták el magukat. XI. Imre pápa kezdeményezésére létrejött a Szent Liga (Habsburg birodalom, Lengyelország, Velence, 1686-tól Oroszo. is). A meginduló ellentámadás 4 év alatt Belgrádig szorította vissza a törököt, és 1686-ban szabaddá vált Buda is. A karlócai béke értelmében (1699) az egész ország felszabadult (a Temesköz kivételével). A bécsi haditanács a szövetséges hadseregek eltartási költségének 70 %-át a parasztokra rótta. A katonák a porciók behajtásán kívül raboltak, fosztogattak (Caraffa: Debrecen). Az 1687-es országgyűlésen a nemességet lemondatta a szabad királyválasztás jogáról és az Aranybulla ellenállási záradékáról. Erdélyt az udvarnak alárendelve kormányozták, a katonákat szélnek eresztették.